燕窝从燕屋或燕洞采摘下来后，是带有金丝燕的羽毛的，这时的燕窝叫“毛燕”。毛燕不能直接食用，需要进一步加工，才能变成我们市面上见到的可食用的“净燕”。
燕窝原料采摘后就会被送至工厂进行加工，燕窝加工流程和步骤大致为:采燕、资料登记和信息上传、分拣分类、消毒清洁、挑毛定型和包装检测、张贴溯源标签七部分。
燕窝加工流程
一、采燕
1、采燕工人趁燕子外出觅食时，将燕窝取下。采燕时很小心，尽量不能让燕窝掉下来摔碎，摔碎的燕窝价格会下降很多。
2、燕窝业者须持着解读器与安全标签对着墙壁上的燕屋电标签进行扫描，确保燕屋的卫星导航位置和编号 。
3、工人进入燕屋采摘燕窝，并把燕窝放置在燕窝采集箱中。
二、资料登记和信息上传
1、给采集箱子系上绿色的电子标签，并为绿色电子标签进行登记。
2、工作人员对燕窝进行称重，并把资料植入解读器。
3、从燕窝采摘燕窝开始，一直到燕窝加工厂关于燕窝的等级、工厂名称、燕窝重量等信息经解读 器扫描后被输送至燕窝溯源管理平台上。
三、 分拣分类
首先根据原料的优劣等级进行一次挑选分类， 分出燕盏、燕条、燕碎等不同的类别，再分出不同级别的原材料。
分拣分类
这个分类是一初步的分类，整个加工完成后，还会有一次更细致的等级分类。
每间工厂都有自己的燕窝质量等级系统，如特级、标准、普通、圆底等级别，也有些工厂以5A、4A、3A等区分燕窝的质量等级。
分拣分类过后，可用的毛燕原料将在特定温度和时间内进行消毒，然后冲水清洗。
四、消毒清洁
清洁消毒
在马来西亚，有些燕窝加工厂已经采用专业的燕窝清洗设备对毛燕进行初步机械喷水清洗，清洗后的毛燕已经去除大部分的粗毛和杂质，从而减少了后续的细挑毛的时间，提高了挑毛的效率。
但印尼多数加工厂仍然采用干挑的作业方式，就不需要清洗毛燕。
从加工工艺来说，印尼多采用干挑，马来西亚多采用湿挑，两者区别的优缺点详见燕窝干挑和湿挑哪个好。
五、挑毛定型
这是最为耗时、耗力的一步，其体的挑毛时间长短店本取决于燕窝原料的等级。工人用镊子纯手工挑出燕窝中的燕毛，挑毛过程分三道工序:初挑-细挑-精挑，这样才可以将燕毛清除干净。
挑毛完成后，燕窝会被再次清洗、加工定型，以保持完整的外形。
定型后的燕窝，还需要进行风干。由于其特殊性，燕窝是不可以日晒的， 更不能用烘烤之术将其烘干，需要放在阴凉之处，用风扇来风干，使之定型。
风干后，一盏燕窝就做好了。但是有些燕窝做好后， 由于个别地方还有些瑕疵， 比如盏形、燕角和颜色等问题，还需要对其进行精修，使之看起来更加漂亮。
六、包装检测
燕窝挑毛定型后就到出厂前最后一步了。
正规的燕窝加工厂会对即将出厂的燕窝进行内部检测，主要的检测内容是亚硝酸盐、排菌和重金属含量等。
同时也会接受当地检验检疫部门的检测监管，符合要求才让产品出厂。
七、张贴溯源标签
最后，清理干净的燕窝被送往包装工厂进行包装，每一盒及每一盏燕窝都会贴上有芯片的标签，确保所有包装的燕窝都有身份证。经过一系列的加工流程，燕窝就可以出厂了。
燕窝出厂后，就可以在市场上销售了，消费者可以通过手机扫码燕窝上的二维码标签查询燕窝的真伪、出产地、时间及日期等资料。（详见溯源码燕窝是什么意思？燕窝溯源怎么查询？。）
在了解了燕窝加工流程之后，您是不是其实燕窝的价格相对高昂一些也是有其道理的。毕竟经过种种工序加工的燕盏，也是需要耗费大量的人力成本的。
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