燕窝独特的蛋白质生物活性分子有助于人体组织的生长、发育及病后复原。碳水化合物是身体热量的主要来源，与蛋白质相辅相成，使蛋白质发挥提供热量以外的功能，也可促进脂肪的代谢。
其所含的表皮生长因子(EGF) 和水溶性物质可直接刺激细胞分裂、再生、 组织重建，使得燕窝对人体的滋补、美容养颜起到重要的作用。
钙质可以增强血液在皮肤破损时的凝结能力，也帮助人体吸收维生素B12。
影响消化系统
研究发现部分中高分子量的燕窝蛋白质具有抗消化性，推测可能以抗原的形式直接作用于肠上皮细胞启动肠道免疫系统发挥疗效。研究表明燕窝可通过扶植肠道有益菌、抑制有害菌来调节肠道菌群。
抑制血凝反应
研究60-65℃的提取物黏蛋白可抑制由指示病毒引起的鸡红血球凝集，这种血凝抑制活性可被神经氨酸苷酶破坏，同时释放唾液酸。
抑制花生凝集素凝集
研究发现燕窝中的唾液酸糖蛋白可与花生中的凝集素结合，从而抑制花生凝集素的凝集，在去除糖蛋白中的唾液酸后，这一抑制作用更强。
增强凝集素对淋巴细胞的分裂作用
研究发现燕窝对淋巴细胞无直接转化作用，但在低浓度ConA刺激下对淋巴细胞的转化有辅促作用。
有学者观察了燕窝水提物对人外周单核细胞在凝集素刺激下有丝分裂的促进作用。结果显示，这种辅促有丝分裂作用在凝集素未达最适宜浓度时尤为显著。其活性物质经胰蛋白酶解后其作用不变，且该物质并不是通过与ConA结合起作用的，可能是直接作用于细胞。SDS-PAGE 显示此活性物质为多种异源蛋白的混合物。
EGF-2对成纤维细胞显强力促细胞分裂作用
研究表明EGF-2对3T3成纤维细胞显强力促细胞分裂作用，放射性受体分析法测定EGF-2 所获得的剂量曲线与人体EGF的标准曲线接近平行，显示怀集燕窝EGF-2 和人体肝细胞的EGF受体之间有高度特异的亲和力。此点与南洋金丝燕燕窝所含EGF相同，但后者的促细胞分裂活性受人体EGF抗体抑制，EGF-2对淋巴细胞没有辅促细胞分裂作用。
提高免疫功能、延缓脑组织衰老和消除氧自由基
对珍珠燕窝提取液进行药理试验，结果显示珍珠燕窝提取液能提高T淋巴细胞转化以及提高人体血液IgM含量，说明该提取液可增强细胞免疫和体液免疫。该提取液还能降低人体脑脂质过氧作用以及提高人体红细胞内超氧化物歧化酶水平，表明其有延级脑组织衰老和消除氧自由基的作用。
强心作用
研究结果显示，燕窝提取物对心率没有影响，但可显著增强心收缩力。燕窝提取物从lmg/kg 开始显示剂量依赖性降压作用，并特异性作用于舒张期血压，十二指肠内给予燕窝水提取物也有同样的作用。
过敏反应
新加坡学者发现燕窝可引起由IgE介导的过敏反应。燕窝提取物经双向电泳分离后，免疫印迹鉴定其抗原为66kDa的蛋白。经SwissPROT和NCBI蛋白质数据库检索，这是一种新的蛋白。N端测序和质谱鉴定显示这种蛋白与鸡蛋白中的一种虫卵抑制剂高度同源。
由于现代科学对燕窝还缺少更全面深人的研究，也许燕窝所含有的特殊营养成分及作用还没有完全揭开。
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